SDIT Salsabila Baiturrahman Prambanan menerapkan kurikulum merdeka dengan pendekatan pembelajaran mendalam yang di integrasikan dengan kurikulum pondok pesantren sehingga mata pelajarannya mencakup semua mata pelajaran kedinasan seperti Pendidikan Agama Islam, Bahasa Indonesia, Matematika, IPAS, PJOK, Seni, di tambah mata pelajaran muatan lokal seperti Bahasa Jawa, Bahasa Inggris dan Mata pelajaran Khas Sekolah sebagai keunggulan yaitu Bahasa Arab, TIK dan Tahsin Tahfidz.
